1979年8月,吕秀莲参与创办杂志《美丽岛》,出任该杂志社副社长。1979年12月10日,《美丽岛》杂志社以纪念“世界人权日”为由在高雄市组织集会并举行火炬游行,强烈要求台当局解除“戒严”、开放“党禁、报禁”,后被当局镇压。
1984年3月,服刑未三分之一的吕秀莲借旧病复发而获“保外就医”出狱,在其亲戚资助下赴美国哈佛大学留学,研究国际法与人权。在美国期间,吕秀莲创办了“北美洲台湾妇女会”,与海外“台独”分子联系频繁,此时的吕秀莲实际上已完全蜕变为一个激进的极端“台独”分子。
1988年,吕秀莲自美返台。
1990年出任“民主人同盟会”理事长,“新女性联合会”理事长。同年11月,吕秀莲加入民进党,此后便以极端狂热的“台独”面目出现在台湾当局政治舞台上。
2000年当选“台湾地区副领导人”,2004年连任。
2010年3月18日成立“九六共识推动联盟”,主张“领导人民选.主权独立”。
2013年10月6日,吕秀莲在中市参加活动,现场出现支持她参选台北市长呼声。吕秀莲回应,若有必要,她才需要选,选赢最重要。吕秀莲下午到台中市“台湾文化会馆”参加活动。台湾中社副社长高嘉君在会中致词时,表达支持吕参选台北市长。
2013年10月26日下午,台湾地区前副领导人吕秀莲正式宣布参选台北市长,争取成为民进党推出的候选人。
2018年5月30日,前台湾地区领导人吕秀莲宣布“要跟民进党说byebye”,为台湾政坛抛下震撼弹,传出可能脱党参选。 [1]
2018年8月5日,吕秀莲办公室发表声明指出,因不想成民进党败选借口,吕秀莲不再参选台北市长。 [2]
2019年9月16日,吕秀莲宣布,将参加2020台湾地区领导人选举。她在声明中称,于17日向“选举委员会”登记申请为独立参选人。 [3]11月2日,吕秀莲宣布退出台湾2020选举,强调由于法律及政治因素未能完成联署。[4]