折叠拥立隆武崇祯十三年(1640年)考取武进士,担任锦衣卫都指挥使。崇祯十七年(1644年)弘光帝派他前往镇江防范清军,担任镇江总兵、镇海将军。
弘光元年(1645年)郑鸿逵得知清军渡过长江,退往福建,中途于杭州遇见唐王朱聿键,一起回到福建。郑鸿逵打算以朱聿键继任南明皇帝,许多大臣认为应该先击败清军,再考虑即位之事;郑鸿逵表示如果不快点即位会有其他人先行称帝。朱聿键因此被拥立为皇帝(隆武帝),郑鸿逵也因这项功劳,受封定虏侯,后来晋升定国公。不久,隆武帝命令郑鸿逵前往浙江进攻清军,郑鸿逵离开仙霞关没多远,就以等待补给为理由,中止进军。
隆武二年(1646年),鲁王朱以海被清军击败,郑鸿逵撤退,清军因此占领仙霞关。隆武帝得知消息,撤销郑鸿逵的爵位。十一月,郑芝龙决定投靠清朝,准备前往福州和贝勒博洛见面,郑鸿逵劝说郑芝龙退往海上,郑芝龙不接受。郑鸿逵只好率军前往金门,同时避免郑成功遭郑芝龙挟持,郑鸿逵暗中将他放走。
折叠继续反清永历元年(1647年)和郑成功一起围攻泉州,但是清援军抵达,只得放弃围城,郑鸿逵返回白沙(在安海镇)。明年,前往占领揭阳。
永历五年(1651年)郑成功前往广州救援永历帝,郑鸿逵返回厦门防守,遭遇清提督马得功攻陷厦门,郑鸿逵率军阻截马得功后路。马得功以郑鸿逵母亲的性命要胁,因此郑鸿逵放走马得功。郑成功得知消息,严厉责备他,郑鸿逵于是隐居在白沙。
折叠晚年永历八年(1654年)清朝决定和郑成功和谈,并策封郑鸿逵为奉化伯,郑芝龙希望他出面劝说郑成功,接受清朝开出的条件。郑鸿逵认为郑成功抗清意志坚决,不可能说服;自己有脚病,也无心做官,婉拒郑芝龙的请求。
永历十年(1656年)清军进攻白沙,郑鸿逵退往金门。
永历十一年(1657年),在金门去世,享年四十五岁。