折叠崭露头角初授佐领,兼刑部郎中。不久改授京畿道御史,兼参领,迁秘书院学士。
康熙五年(1666),授刑部侍郎。康熙七年(1668),迁吏部侍郎。康熙九年(1670),授四川湖广总督,驻荆州。康熙十年(1671),疏言:"四川民少田荒,请广招开垦。招民三百户,予议叙,垦田五年,起科";"四川冲要营员用沿边例题补"。康熙十一年(1672),疏言:"移驻官兵子弟得入籍应试"。康熙十二年(1673),请裁遵义总兵官,改镇松潘。事并下部议行。
折叠三藩之乱康熙十二年(1673)十二月,吴三桂反,蔡毓荣上疏言:"云贵总督甘文焜手书遗臣言吴三桂反",于是蔡毓荣遣沅州总兵崔世禄率兵迅速进入贵州,夷陵总兵徐治都、永州总兵李芝兰继进。康熙帝命提督桑额疾驰沅州驻守。不久授顺承郡王勒尔锦为大将军,率八旗兵讨伐吴三桂,驻荆州,谕蔡毓荣负责筹备军需。
康熙十三年(1674),分设四川总督,命蔡毓荣任湖广总督,以招民垦荒功,加兵部尚书。吴三桂破沅州,崔世禄降。常德、澧州、长沙、岳州相继陷落。部议蔡毓荣在常德失陷前,没有及时令桑额驻守,调度无能,当夺官,康熙帝从宽留任,命蔡毓荣戴罪立功。寻丁父忧,命在任守制,督绿旗兵进剿。蔡毓荣令副将胡士英等分防江口。叛将杨来嘉据南漳天门寨、马良坪,出掠城邑,蔡毓荣令襄阳总兵刘成龙御之,屡战屡胜。
广西提督马雄反,响应吴三桂,把逆书交给两广总督金光祖,陷害蔡毓荣将率绿营兵数千赴岳州,投降吴三桂。身为蔡毓荣姻亲的金光祖派遣密使告诉了蔡毓荣。蔡毓荣听说后,疏陈狡谋狂噬,请求解任回旗。康熙帝命殚心供职,毋以反间引嫌。
康熙十四年(1675)九月,勒尔锦请增绿旗兵援、剿二营,领以两副将,命蔡毓荣统辖。蔡毓荣疏言:"吴逆久据湖南,而湖南之长沙与江西之吉安、袁州接壤,郴州、桂阳又与吉安之龙泉接壤。若楚省大兵由荆岳诸路进而,江省大兵亦由袁州诸路会期进攻,使贼三面受敌,首尾不能相顾,则我兵之势合而贼兵之势分,一举而肤功立奏也。"又言:"前此屡奉恩谕,贼官民来归悉赦已往之罪,且不惜数百万帑金用兵剿贼,无非为救民水火。计惟是烽燧之区,或不暇辨是民是贼,恐俘戮者众,乞统兵王贝勒遴选满洲贤员,赍奉抚民,勑谕随师前进,每收复城邑,即稽察户口,悉予安辑贼党以外,戒毋妄杀,则胁从之众无不闻风投顺矣。"疏并下所司议行。
康熙十七年(1678),蔡毓荣督造战舰成,率绿旗兵五千,从大将军、贝勒爱新觉罗·尚善进攻岳州,与讨逆将军鄂纳等以舟八百余入洞庭湖,击吴三桂兵,大败之,发炮沉其舟,歼寇甚众。遣将舣君山,载土伐木塞诸港。分兵屯三眼桥、七里山,绝寇转粮道。寇犯我粮艘,夹击,复大败之,斩级千余。吴三桂死,其孙吴世璠以丧还。清军攻克岳州,进定长沙、衡州。
康熙十八年(1679)十月,疏言:"湖南境惟辰州尚为吴三桂所守。枫木岭、辰龙关两道皆险隘。我师疲顿,当小休。俟粮草克继,会师进攻。"康熙帝命给事中摩罗、郎中伊尔格图传谕曰:"贼败遁负险,宜用绿旗步兵。毓荣所属官兵强壮,不难攻取险隘,剿除馀寇。从古险隘地方,若不攻取,岂有自定之理。其如何恢复辰、沅,速定云、贵,详议以闻。"蔡毓荣疏言:"辰、沅水路直达武陵,贼既扼险于陆,又复据泊上游。若我师由陆路进攻,恐贼以轻舟顺流反袭我后。宜造八桨小船二百、水陆并进。并请请专责一人,总统诸路绿旗兵。"康熙帝即授蔡毓荣绥远将军,赐敕,总统绿旗兵,总督董卫国、周有德、提督赵赖等并受节制。
康熙十九年(1680)三月,督兵分道出枫木岭、辰龙关,水师并进,克辰州,再进克沅州,并复泸溪、溆浦、麻阳诸县。八月,蔡毓荣请求颁勅招抚吴世璠,康熙帝谕告大学士等曰:"吴世璠为贼渠魁,恃其险阻抗拒,守兵残害生民,罪恶重大。蔡毓荣不图早灭逆寇,乃欲降勑招抚,率意妄奏,着严饬之。"
闰八月,与大将军、贝子彰泰会师,自沅州入贵州境。彰泰疏言绿旗兵已与满洲兵会,若各自调遣,虑未能合力奏功。康熙帝命蔡毓荣一切军机向大将军汇报,商酌以行。十月,与董卫国督兵克镇远、思南。吴世璠部将夏国相等以二万人屯平远西南山,分兵据江西坡,坡天险,夏国相为象阵。清军迫险攻象阵,不能克,蔡毓荣以红旗督战,众奔不可止,清军败绩。越二日复战,鼓众奋进,夏国相弃险走,遂克贵阳。
康熙二十年(1681)正月,从彰泰下云南,彰泰奏:"贼众万余欲据盘江,已遣兵固守铁索桥以御之。"康熙帝谕曰:"大兵秣马贵阳已经月余,今逆贼欲据盘江,祗遣兵前往殊昧机宜。彰泰、蔡毓荣当即亲统大兵,扑灭贼众,平定滇中,勿失机会。"三月,蔡毓荣随彰泰进攻省城昆明,屯归化寺。吴世璠部将胡国柄等纠贼万余,列象阵拒战,清军分队进击,大败贼众,阵斩胡国柄及贼众无算,夺重关及太平桥。吴世璠部将余从龙等出降,诇知其虚实。赵良栋师至,趣进攻,蔡毓荣驻军大东门。吴世璠自杀,城下。云南平。蔡毓荣还任湖广总督。
折叠经营云南康熙二十一年(1682)六月,调任云贵总督。疏言:"云贵两省俱险要边疆,又当新复之初,督标兵旧设四千未足资弹压,请增兵一千,分为五营。又因议裁吴逆所设十镇,请改为六镇。在迤西者曰鹤丽,曰永顺,曰楚姚蒙景。在迤东者,曰开化,曰临元澄江,曰曲寻武沾。又言中甸在金沙江外,旧辖丽江土府为吴逆割畀,蒙番通商互市。今互市已停,而蒙番所设喇嘛营官未撤,宜令土知府木尧仍归其地。"
十月,疏言云南善后诸事:"一曰蠲荒赋。云南陷寇八载,按亩加粮。驱之锋镝,地旷丁稀,无徵地丁。额赋应予蠲除,招徕开垦。二曰制土夷。前此土目世职,不过宣慰,三桂滥加至将军、总兵。初投诚,权用伪衔给札,今当改给土职。旧为三桂夺职者,察明予袭。三曰靖逋逃。三桂旧部奉裁,徵兵散失。八旗仆从,兔脱鼠窜。宜厚自首赏,重惩窝隐。所获逃人,量从末减,庶闻风自归。四曰理财源。云南赋税不足供兵食。地产五金,令民开采,官总其税。省会及禄丰、蒙自、大理设炉铸钱。故明沐氏庄田及入官叛产,均令变价,以裕钱本。田仍如例纳赋,兵弁馀丁,垦荒起科,编入里甲,俾赋有馀而饷可节。五曰酌安插。逆属尝随伍,当遣发极边。若仅受伪衔,并未助逆,宜免迁徙。六曰收军仗。私造军器,应坐谋叛论罪。土司藏刀枪,民以铅硝、硫黄贸易,皆严禁。七曰劝捐输。云南民鲜盖藏,偶有灾祲,无从告籴。请暂开捐监事例。八曰弭野盗。鲁魁在万山中,初为新嶍阿蒙土人所据,啸聚为盗。内通新平、开化、元江、易门,外接车里、孟艮、镇元、猛缅。三桂授以伪职,今虽改授土司。仍宜厚集土练,分驻隘口,防侵轶为患。九曰敦实政。兵后整理抚绥,其要在垦荒芜,广树蓄,裕积贮,兴教化,严保甲,通商贾,崇节俭,蠲杂派,恤无告,止滥差。州县吏即以此十事为殿最。十曰举废坠。各府州县学宫,自三桂煽乱,悉皆颓坏。今宜倡率修复。通省税粮,既有成额,宜均本折定,留运驿站,酌加工食,俾民间永无派累。"疏入,廷臣议行。
因罪罢官
蔡毓荣自贵州进征云南时,上疏弹劾提督赵赖驻守贵州,抗留檄调进征官兵。议政王大臣以赵赖已奏明防守紧要,难于遣发,寝议。蔡毓荣又弹劾总督董卫国不听调度,违误军机,康熙帝命事平时定议。
康熙二十二年(1683),部议董卫国未尝违误,且有复镇远功,请免议,康熙帝责蔡毓荣妒功诬奏,下部议,削五级。
康熙二十五年(1686)闰四月,授总督仓场侍郎。十月,改任兵部侍郎。领侍卫内大臣佟国维等疏言:"侍卫纳尔泰自陈前使云南,蔡毓荣令其子蔡琳馈以银九百"。内务府以新自云南归旗之革职知州文定国揭发,蔡毓荣入云南以吴三桂孙女为妾,并徇纵逆党状。下刑部,鞫实,拟斩,籍没,命免死,与蔡琳并戍黑龙江。赦还。
康熙三十八年(1699),卒。