于是崇祯十五年十月,清军入塞,“行人司副熊开元,因见上罪己求言诏,即疏求独对。”熊开元借机求见崇祯以弹劾周延儒。“疏入上大怒,批旨以其谗谮辅弼、狡托机密,着锦衣卫拿问。给事中姜采疏言,皇上修省罪己,于言官谆谆致戒,岂有厌薄之心哉?言官持论太急,无当圣心,此言官之过也。圣谕所云,代人脱卸、为人出脱者皇上何所见而云然乎?于章奏知之乎?抑出于圣心之悬揣乎?今如二十四气之蜚语,必大奸巨憝恶言官之不利于己而无以中之,不激皇上之怒,不能箝言官之口,人将争效寒蝉,谁复为上言之者?时有投匿名文书者,诋各臣为二十四气者,故采疏及之。上大怒,命送锦衣卫打问,与开元同日下狱。已而以廷臣救,重下严旨,并责锦衣溺职,着再行严讯,打问再四,谳上,下刑部议罪。司寇徐石麒议坐,二人配赎;圣旨以不具招罪,司官石麒闲住,该司刘沂春革职,开元、采各廷杖一百,仍发刑部拟罪。再问再驳,系狱年余,至十七年二月始各允遣戍放归。”
熊开元弹劾周延儒纳贿,令对周延儒分外倚重的崇祯极为震怒,将熊开元与给事中姜采廷杖后投进诏狱,然后密令骆养性将熊、姜二人秘密打死。“独谕金吾骆养性曰:熊开元必有主使,不行拷讯,是汝不忠。骆出,方沈吟道上,中使忽以手敕至,则令取开元、采毕命,以病闻密诏也。骆失色,语同列”。东林党内开始了对二人的拯救行动,左都御史刘宗周、佥都御史金光辰因力救熊开元和姜采而被罢免,尚书徐石麒又因救刘宗周等人被罢免。“(吴)昌時,嘉興人。有幹材,頗為東林效奔走。然為人墨而傲,通廠衛,把持朝官,同朝鹹嫉之。左都御史宗周、僉都御史光辰以救開元、埰罷,尚書石麒又以救宗周等罷,延儒皆弗救,朝議皆以咎延儒。會昌時以年例出言路十人於外,言路大嘩。”周延儒自然是坐视不管,而此时吴昌时又借年例将十余名言官贬出为外官,一时间言路大哗,不但是东林党党外就是东林党党内也是群情激愤,朝野上下对周、吴二人长久以来积聚的不满开始集中爆发。
掌科给事中吴麟、掌道御史祁彪佳于是弹劾吴昌时挟势弄权,这两人虽是东林党,但一向与周延儒和吴昌时不和。崇祯六年,“首辅周延儒家在宜兴,子弟家人恃势横行乡里,邑民焚其居宅,发其祖墓。彪佳既捕治如法,而于延儒亦不稍徇情。延儒恨之,回道考核,竟被降俸,遂以侍养为名告归。” 因为周延儒“下虐小民如故,于是冤民相聚,夜发其祖茔”,导致冤民暴乱,挖了周延儒家的祖坟,是为“宜兴民变”。处理此事的祁彪佳因“薄治乱首,而穷追致乱之由”而得罪了周延儒,被周延儒打击报复而被降俸,只好于第二年上疏乞归奉母。八年后的崇祯十五年九月祁彪佳起补河南道掌道御史,因清军入塞道路阻塞,十二月初才抵京赴任。
崇祯十六年三月,祁彪佳上疏弹劾吴昌时乱制弄权,见其《还朝疏草》:“昌时之为人也,反复多态,机变无穷,明偷寒送暖之情怀,作造械推波之行径。惟是依附正人,猎有虚誉,一旦窃身要地,深恐发其隐私,以故汲汲皇皇,图钳固言官之策,初则到处招摇,云欲为内转者复功升劳升,是借皇上之爵赏,以欣动言官也。继则逢人恐喝云:必使外转者有十人八人,是又借皇上之磨砺以怵吓言官也。其意使冀内转者有昵于欣动之求,使惧外转者胁于怵吓之威,便可钳口结舌,恣其惟所欲为矣。如此招权恬势,必将纳贿行私。在家臣秉破格引用之公心,在铨司逞巧借牢笼之故智,臣其为铨席惜之。敢明申明衙门之执掌,并以直抉昌时之肺肠,伏候圣明裁鉴。……崇祯十六年三月二十六日具题。”
五月,锦衣卫骆养性和东厂太监又揭发周延儒消极怠战、谎报战功,亦是因旧日宿怨。“吴铨曹昌时与吴金吾孟明密,及骆金吾养性以楚人继,尽革孟明诸厂役与昌时相通者,昌时怒,欲除养性,以己心腹代。适朱侍御国昌疏纠养性,养性所费几及十万方解,或云周皇亲奎力。周辅延儒亦有易养性意,故养性并怒焉。”但崇祯还是不愿处置周延儒,说周延儒“尽心报国,始终不渝”,“功多罪少”,下令免议,并赐给周延儒路费一百金,可谓是恩遇非常。
七月初十,山东佥事雷演祚弹劾范志完与周延儒结党误国,而后御史蒋拱宸又弹劾吴昌时贪险不法赃私巨万,又牵连到周延儒,给事中东林党曹良直亦上书弹劾延儒十大罪, “至是,吴昌时事,圣怒遂不可回矣。”
吴昌时到底犯了什么大罪呢?通内!“吴铨曹昌时通内,每阁票一旨,必先知,是以众论沸腾,具疏乞休,拟票云:「吴昌时准回籍调理,病痊起用。」闻周辅延儒票也。旨未下,昌时已宣言于人,谓已得温纶。及与蒋侍御拱宸质御前,拱宸几屈,惟所纠预闻旨一,上取原票阅之,果是,故败。”
崇祯最恨朝臣通内,于是将吴昌时下狱,判了死罪,并决意要诛杀延儒。于是崇祯下令将周延儒捕入京师。周延儒欲托前辅臣王应熊为他求情,事情泄露,结果王应熊见到崇祯还未来的及说话便被喝令回去。刑部判周延儒流放戍边,也被崇祯否决。崇祯十六年十二月,吴昌时被处死,周延儒被勒令自尽,并被抄家。